越年中國蘆溝橋事變，抗戰軍興，海外同僑紛紛開展救國運動，而會館亦領導鄉僑奮起救國，除參加甲華（馬六甲華僑籌賑祖國難民委員會）各種救國活動外，復發動組織全馬惠僑救鄉會，派遣救鄉工作團回國參加救亡工作，盡了救國之義務，這是馬六甲惠州會館之一頁光榮史。

1942年，日軍南侵，馬來亞淪陷，本會以熱心抗日之故，遭受封閉，會務完全停頓。鄉僑被認為愛國份子，殉身暴日酷刑者，為數不少。

直至1945年9月2日，日軍投降，南島重光，會館始於10月初由鄉賢陳宗獄，戴晉梅，李觀喜諸先生領導復興，并創辦夜學，為淪陷時期的失學青年補習。

1950年，陳宗獄先生因事離職，戴晉梅，溫虎干二位先生繼任正副主席，陳世昌，賴集德二位先生蟬聯正副總務，就任數月，即購買置巴剎南馬街24號屋宇，為貧病同鄉留醫處兼殯儀館。翌年秋發動同鄉獻金，將殯儀館修整一新。

1955年，設立華文中學獎勵金，鼓勵華教同鄉子弟努力向學。1956年6月28日因得星馬各2地惠州會館代表支持，倡組“星馬惠州會館聯合會” ，促進兩地同鄉之團結，馬六甲惠州會館負責籌組工作。

1960年由溫虎干先生任正主席，戴晉梅先生副之，總務仍由陳世昌先生擔任。就職不久，即大展新猷，首先是在本坡祈安律購買一塊地皮，作為籌建新會所之用，繼於1961年9月購置巴度勿蘭南雙溪不達膠園，作為同鄉義山。

同年11月又成立一個以溫虎干，戴晉梅，屈世文，陳維榮四位先生為首之建筑委員會，發動籌建一連四座之三層新會所，作為永久基業。

1967年8月新會所落成後，仍由溫，戴二公擔任正副主席，陳維榮為財政，總務則由賴錦華先生擔任。因經費來源增加，可以更進一步為同鄉服務，逐擴大福利工作范圍，一面將原有之華文中學獎勵金，改為各語文中小學獎勵金，鼓勵更多同鄉子弟努力向學，一面成立大學貸學金委員會，進行籌募貸學金，協助家境貧寒而資質聰敏之同鄉學子，完成高深教育，造福國家社會。

此項措施深獲同鄉支持，尤其是經濟較好同鄉，紛紛利用喜、喪事報效鉅資或以親友所贈賀儀賻儀轉贈本會，以充獎貸學金，熱誠令人感佩。

1970年，溫虎干繼任主席，總務陳世昌，該年起草大學貸學金章程。1972年大學貸學金開始借貸予會員子女。

1974年溫虎干繼任主席，總務羅德勝，該年起眾理事即策劃欲重建舊會館，其間有理事主張建二層樓，另有一些理事則主張建四層樓，一時意見無法一致。

1975年理事們為了提供同鄉青年在業馀有一個休閑的好去處及鍛練體魄起見，故成立了鑼鼓隊，軍樂隊，籃球隊及乒乓隊。

1982年，陳秀輝擔任會長，總務張良才，本年增加貸學金人數為每年五人。1988年，會長黃福，總務傅國華，主席宣布因為本會舊會館已超過百多年的歷史，故馬六甲市議會政府諭令本會只準重修而不準重建，原因是政府已將本會館保留為歷史古跡。

1990年，戴佛送上任會長以後，即積極從事重修舊會館的工作。結果，在1993年?10月30日籌委會主席戴佛送及募捐主任戴佛恩配合全體執胃酸同力合作，不辭勞苦，到處奔波，落力勸捐下，工作進行得十分順利，結果舉辦了一個千人宴，共籌得十五萬一千八百多元。翌年，舊會館重修工作順利圓滿完成。

1997年，本會動用了十三萬元左右進行蓋會館之天台及鋪蓋地磚，掃漆等工程。

1998年，羅德勝先生接任會長職，總務張良才。羅會長上任不久，因鑒於樓上天台常在暴風雨時會濺入雨水，導致積水殃及天花板，更嚴重的是還會導致電流的短路，故羅會長上任不久後，即以身作則進行理事認捐籌款運動，以優先加蓋遮雨涼逢及整間新會館外層的掃漆工程，耗資二萬四千馀元。

2000年，賴帝榮先生接任會長職，總務彭兆文，兩位鄉賢對會務工作繼續。第四屆世界惠州同鄉懇親會落在馬來西亞主辦，參加籌備工作，籌款運動的任務完成，2001年11月10日至12日，懇親會成功圓滿舉行。

2002年，拿督張雅財接任會長職，總務彭兆文鄉賢。張會長在會務工作積極，領導馬六甲惠州同鄉出席2002年12月2日至4日在中國舉辦的第二屆世界廣東同鄉聯誼大會。2004年6月，張會長被聘任中國惠州市海外交流協會第一屆理事會理事，張會長代表馬六甲惠州會館於2004年3月被選為全國17個屬會組成的馬來西亞惠州屬團體總會總會長。

2004年9月18日至20日，張會長領導全國17個屬會代表團赴泰國合艾出席第五屆世界惠州同鄉懇親大會。
2005年4月六日，在中國廣東汕頭海外聯誼會舉行的第二屆理事會，張會長被委為顧問一職。

2005年8月，張會長，總務彭兆文及全體理事，協理，青年團團長房有平，婦女組主任張惠卿，籌委會主席彭順等人積極籌辦200周年館慶，由馬六甲惠州會館主辦，馬來西亞惠州屬團體總會協辦的200周年紀念慶典暨惠州聯誼會，於2005年8月26日至28日在聽濤灣渡假村酒店開幕，晚宴設在培風中學大禮堂，招待世界各國惠州1同鄉，政府首長等鄉賢、嘉賓。

2008年，彭順鄉賢接任會長職，總務由湯國耀鄉賢擔任。

2009年5月在彭會長的領導下成立《青少年組》。《青少年組》的成立是不分籍貫的，主要是為了讓青少年有個明確的方向，免受到大時代的影響，而走上歧途。同年7月13日成立《活動中心 》讓鄉賢有個休閑之處和彼此間的聯誼，同時讓青少年有個學習和活動的空間。會館除了常年的春秋两季祭祀，還有主辦兒童填色及創意繪畫比賽，歌唱交流會，烹饪班，中秋園遊會，關聖帝君誕辰自由餐會，到學校参加义卖會等等。

2011年彭順鄉賢繼任會長，總務賴志強。今年3月27日會員大會議決重修舊館宇，但重修舊館宇所需甚巨，初步估計超過20萬零吉，故理事會議決於2011年10月23日舉辦206周年紀念暨重修舊館宇基金聯歡晚宴籌募重修款項。

縱觀上述本館二百馀年之歷史，記載如上，如有出入或遺漏，尚待補正。

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